El Nivel Secundario del Colegio San Bartolomé propone una formación académica de excelencia en las orientaciones Economía y Administración; Ciencias Sociales y Ciencias Naturales. 

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A través de un programa de escritura y oralidad académicas, que se desarrolla a lo largo de toda la secundaria, y de proyectos de investigación (en la orientación Ciencias Sociales y en Ciencias Naturales) y de ideas de negocios (en la orientación Economía y Administración) en el último año de la secundaria, los alumnos aprenden a transformar la información en conocimiento, formular preguntas significativas y ensayar respuestas eficaces que cimentarán sus estudios superiores.

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La participación en diversos certámenes de decisiones empresariales, Olimpíada Matemática Argentina (OMA) y el Modelo de Naciones Unidas permite acercarlos al mundo profesional y laboral. El Concurso Literario Intercasas, el Voluntariado de Lectura y los Concursos Intercasas de Economía y Matemática, así como el desarrollo de proyectos tecnológicos en las áreas de Ciencias Naturales y Robótica confieren a la formación secundaria en el Colegio San Bartolomé un perfil singular caracterizado por la disposición para el trabajo en equipo, pensamiento crítico y vocación científica. 

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El Servicio de Orientación Psicopedagógica acompaña de manera permanente las trayectorias escolares, promoviendo el bienestar integral de los alumnos y brindando apoyo en sus elecciones vocacionales mediante visitas, encuentros, talleres y charlas que los acercan a las distintas alternativas de formación superior.